Das Haus Immanuel wurde am 3. März 1907 vom damaligen Ortspfarrer Ernst Keupp in Hutschdorf zur Behandlung alkoholabhängiger Menschen als erste Trinkerheilstätte Bayerns gegründet. Es ist somit die älteste Fachklinik in Bayern.
1914 wurde das Haus zu einem Lazarett vor allem für die Behandlung alkoholabhängiger Soldaten umfunktioniert. Nach dem Ende des ersten Weltkrieges wurde Pfarrer Keupp zum Rektor des Gemeinschafts-Diakonissen-Mutterhauses Hensoltshöhe in Gunzenhausen berufen. Er übernahm das Amt unter der Prämisse, dass seine in Hutschdorf begonnene Arbeit vom Mutterhaus fortgeführt wird. Seit 1919 sind demnach Diakonissen des DGD im Haus Immanuel tätig.
1919 übernahm Schwester Betty Bock die Leitung der Klinik. Während des zweiten Weltkriegs wurden im Haus Immanuel Familien und Kinder der Kinderlandverschickung untergebracht. Darunter auch Hamburger Schulkinder mit ihrer Lehrerin Loki Schmidt (verstorbene Ehefrau des ebenso verstorbenen Ex-Bundeskanzlers Helmut Schmidt), die zwischen 1940 und 1941 ein Jahr in Hutschdorf verbrachte.
1945 folgte auf Anordnung der US-Besatzungsmacht die Umwandlung der Klinik in eine Lungenheilstätte. Die Neugründung als Heilstätte für suchtkranke Frauen erfolgte 1961 unter der Leitung von Herbert Riemenschneider.
Der Anerkennung der Alkoholabhängigkeit 1968 als Erkrankung folgte der Anspruch auf bezahlte Behandlung durch die Rentenversicherungen und Krankenkassen. 1971 schließlich wurde das Haus Immanuel als Fachkrankenhaus anerkannt.
Der grundlegenden Renovierung der Einrichtung im Jahr 1989 folgte 2012 die Erweiterung der Fachklinik um einen modernen Neubau mit nun insgesamt 60 Therapieplätzen – davon 12 für Mütter mit Kind sowie – als eine der ganz wenigen Kliniken dieser Art – einer eigenen Kindertagesstätte.
2020 musste der alte Klinikkomplex, das Haus Bethanien, dem Neubau eines Mutter-Kind-Zentrums als Nachsorgeeinrichtung zur Behandlung suchtkranker Frauen und ihrer Kinder weichen.
Das neue DGD Mutter-Kind-Zentrum Rückenwind wurde 2023 eröffnet. Es bietet Platz für 12 Mütter mit bis zu 16 Kindern, die – wie auch de Begleitkinder der DGD Fachklinik Haus Immanuel – in der ebenfalls neu errichteten Kindertagesstätte Kindernest Sternstunden betreut werden.